A origem da colonização deu-se com os kilombos e principalmente com a chegada de um português na região, Joaquim Borges Vieira, juntamente com sua esposa e dois filhos, a qual veio a falecer, tendo ele logo em seguida casado com uma de suas escravas, em meados do século XIX, este português desbravador for atraído pela alta fertilidade e baixo preço das terras, dedicando-se a sua exploração econômica. Os irmãos Jerônimo, José e Manoel Rabelo da Silva, ali residentes desde 1940, também ajudaram a fundar o município, destacando-se o farmacêutico Ernesto, com a primeira assistência dentária à população regional; e o baiano Isaias, com a primeira casa comercial.
Tendo moradas rústicas, de parede de barro e de madeira, cobertas de telhas comuns, o povoado nascente recebeu a denominação de “Barro Alto”, originário da fazenda onde se formou, região “alta” que se fez conhecida pelo “barro”, viscoso e abundante em seu solo.
A ligação rodoviária com Goianésia, em 1951, e a construção da Capela de Nossa Senhora d’Abadia em 1956, proporcionaram o surgimento das primeiras indústrias e numerosas casas residenciais em volta do templo.
O lugarejo tornou-se distrito em 1958, porém, não se efetivou a instalação.
O município é muito famoso por se destacar em esportes radicais como: motocross, jipes e também a calvalgada. Tem festas tradicionais, todos os anos, no mês de janeiro, O Encontro de Jipeiros e no mês de maio é realizada a Calvalgada . Atualmente esta se instalando em Barro Alto Ba uma Grande Multinacional, da aréa de exploração Mineral.